České Budějovice nechal založit český král Přemysl Otakar II. v roce 1265 lokaci a projekci města provedl králův rytíř Hirzo. Nové královské město mělo představovat doposud chybějící základnu královské moci v jižních Čechách a být protiváhou moci Vítkovců (resp. Rožmberků). Tento účel po většinu času zdatně plnilo, což bylo důvodem několikasetletého nepřátelství mezi těmito dvěma „lokálními mocnostmi“, které pouze v průběhu husitských válek potlačil společný mocný nepřítel – husité.
Během husitských válek i po nich Budějovice upadaly kvůli neuspořádaným poměrům v zemi, které od nich odklonily obchodní cesty. Po mimořádném rozkvětu města (zejména díky rozsáhlé těžbě stříbra a příjmům z vaření piva, obchodu se solí, suknem či rybníkářství) v relativně klidném 16. století Budějovice opět čelily těžkým časům, za stavovského povstání stály na straně císaře a přečkaly několikeré obležení. Ač šlo o celkově neradostnou dobu, Budějovičtí ji využili k likvidaci nedalekého konkurenčního Rudolfova. Během třicátých let se díky bojům ve středních a severních Čechách staly Budějovice dočasně hlavním městem, do kterého se přesunuly některé důležité úřady z Prahy. V červenci 1641 vypukl v Budějovicích požár a popelem lehly dvě třetiny města.
Budějovice zažily okupaci vojsky bavorského kurfiřta Karla Albrechta během první slezské války a boje mezi habsburskými vojsky a francouzskou armádou mezi Budějovicemi a Hlubokou nad Vltavou v roce 1742. Během druhé slezské války v okolí Budějovic sváděly boje rakouská a pruská armáda, město přitom bylo dočasně Prusy obsazeno. Od té doby se Budějovicím válečné boje vyhýbaly. Město nabylo na významu v roce 1785, kdy se stalo sídlem biskupa nově vzniklé diecéze českobudějovické.
Další výrazný vzestup Budějovic nastal na počátku 19. století, když sem přesídlila správa kraje z Písku a Tábora. Z málo významného devítitisícového města se díky tomu a díky vybudování železničního spojení (nejprve to byla v roce 1827koněspřežná dráha do rakouského Lince) stalo důležité centrum.
Ustavení Československa 28. října 1918 se v Budějovicích obešlo bez problémů, k čemuž dopomohli českoslovenští legionáři a italská posádka ve městě. Právě přes Budějovice se zakladatel republiky Tomáš Garrigue Masaryk 20.–21. prosince 1918 (17. prosince byl ještě v Itálii) vrátil do vlasti.Tuto skutečnost také dokládá pamětní deska na hlavním nádraží, kde tehdy T.G. Masaryk ve francouzském železničním vagóně svého vlaku z pátku na sobotu přenocoval. Pro dopravu z nádraží (a zpět) na po něm nově pojmenované centrální náměstí, kde bylo oficiální přivítání s projevy, použili Masaryk a jeho doprovod 14 nablýskaných automobilů jako „dopravní prostředky nové a demokratické“. Na náměstí mu byl také doručen novým starostou Budějovic Augustem Zátkou pozdravný telegram předsedy vlády Karla Kramáře.
V období první republiky získalo ve městě rozhodující slovo české obyvatelstvo. Tento stav trval až do okupace města jednotkami německéhoWehrmachtu dne 15. března 1939. Okupační správa poté rychle zlikvidovala českou obecní samosprávu. Budějovické zastupitelstvo muselo ukončit činnost již 17. března. Vrcholné posty na městských úřadech ovládli budějovičtí a říšští Němci.
Na konci druhé světové války v březnu 1945 se Budějovice dvakrát staly cílem náletů amerického letectva, které značně poškodily město a způsobily velké ztráty na životech. V květnu německá posádka město bez boje vyklidila a přenechala je sovětským jednotkám. České Budějovice ležely na demarkační čáře, přičemž centrum Českých Budějovic leželo v sovětské zóně. Přestože jednotky americké armády kontrolovaly rozsáhlé oblasti jihozápadně od Českých Budějovic, kvůli průběhu demarkační čáry nemohla americká vojska do města vstoupit. Předsunuté jednotky ozbrojených sil Spojených států sice dojely k dnešnímu Dlouhému mostu, ale tam se otočily. Rudá armáda vstoupila do Českých Budějovic bez boje dne 9. května 1945 v odpoledních hodinách. Jednalo se o 86. gardovou střeleckou divizi generála Vasila Sokolovského, která byla součástí 2. ukrajinského frontupod velením maršála Rodiona Malinovského. Následující den se jednotky Rudé armády a armády Spojených států setkaly na náměstí v Budějovicích na společných oslavách osvobození města a konce druhé světové války v Evropě.
Poválečné vysídlení Němců z Českých Budějovic postihlo asi 7 500 lidí (přibližně 16 % obyvatelstva).
1. ledna 1949 se České Budějovice staly správním centrem nově zřízeného Českobudějovického kraje, při další správní reformě se staly 1. července 1960 centrem Jihočeského kraje. Od roku 2000 byly hlavním městem nového Budějovického kraje, který byl v květnu 2001přejmenován na Jihočeský kraj. V srpnu 2002 postihly Budějovicko mohutné povodně, při nichž Malše a Vltava zaplavily velkou část města včetně historického centra a způsobily značné škody.
Redakce AW 2018